Paper Write SCI

与 bensz-collect-bugs 的协作约定

• 因本 skill 设计缺陷导致的 bug，先用 bensz-collect-bugs 规范记录到 ~/.bensz-skills/bugs/，不要直接修改用户本地已安装的 skill 源码；若有 workaround，先记 bug，再继续完成任务
• 只有用户明确要求“report bensz skills bugs”等公开上报时，才用本地 gh 上传新增 bug 到 huangwb8/bensz-bugs；不要 pull 或 clone 整个仓库

用于根据 LaTeX 论文项目、Figure/Table 注释和用户补充要求，撰写或优化 SCI 期刊论文正文。

执行时优先把确定性步骤交给脚本，把启发式判断留给 AI：

• 初始化工作区、模式归一化、风格选择、计划文件命名：使用 config.yaml:scripts.prepare_workspace
• 长规则块按需从 references/ 读取；不要把所有参考文档一次性塞进上下文

目标

• 写出更像作者本人、而不是通用 AI 模板的论文
• 在写作与修订过程中严格保护数字、逻辑和术语一致性
• 默认直接推进修改；当用户需要人机协作时，只输出计划，不直接改论文
• 除明确约定的对外交付物外，把所有中间文件收敛到 <paper_dir>/.paper-write-sci/run_{timestamp}/

输入

输入项	是否必须	说明
论文源代码目录	必须	LaTeX 论文项目根目录
Figure/Table 注释	必须	解释每张图表支撑什么论点、有哪些关键数字
用户要求	可选	例如“只改 Results”“偏保守润色”“补强 Discussion”
参考论文/参考作者材料	可选	用于提炼额外风格信号，只学风格，不抄句子
运行模式	可选	默认值与别名以 config.yaml:mode 为准
风格	可选	默认值与可用列表以 config.yaml:style 为准

输出

autonomous

• 直接修改目标正文文件
• 将分析、审查、渲染日志写入当前运行目录 <paper_dir>/.paper-write-sci/run_{timestamp}/
• 若检测到可用构建链，尝试重新渲染 PDF 和 Word

collaborative

• 只输出计划文件，文件名模式以 config.yaml:runtime_outputs.collaborative_plan_pattern 为准，默认带上本轮 run_id
• 计划中总结论文缺陷、证据、建议修复方案、影响文件和风险
• 不直接修改论文内容
• 计划以外的中间文件仍写入当前运行目录 <paper_dir>/.paper-write-sci/run_{timestamp}/

模式规则

autonomous（默认）

• 发现问题就直接修复
• 采用最小必要改动原则
• 在写入任何新数字前，必须先过数字审查
• 在结束前，必须通过章节职责终审、全文一致性终审和逻辑树终审

collaborative

• 先完整读论文，再归纳缺陷和修改路径
• 计划仅作为人类审查材料，不对正文落笔
• 计划文件名、主题 slug、run_id 和输出目录都以 config.yaml:runtime_outputs 为准
• 计划内容至少包含：问题、证据、建议动作、影响章节、关联图表、风格锚点、章节分工风险、风险说明

中间文件约束

除下列“明确约定的对外交付物”外，其余中间文件都必须放在 <paper_dir>/.paper-write-sci/run_{timestamp}/：

• plans/{collaborative_plan_pattern}
• 论文最终构建产物，例如项目已有的 PDF 和 Word 输出

禁止再使用旧目录 .write-paper-sci/ 与更早的 .write-paper/。

风格系统

• 风格目录：references/styles/
• 风格模板：references/styles/style-template.md
• 默认风格以 config.yaml:style.default 为准

当前风格：

风格	领域	作用
bensz-01	生物医学	以作者风格为中心，强调问题导向、方法命名、强数字对比、详尽且对非领域读者友好的 figure legend，以及诚实局限
general-01	通用 SCI	综合官方 SCI 写作建议，提供未指定领域时的稳健默认风格

风格使用原则：

1. 优先使用用户显式指定的风格
2. 若用户提供了参考论文或作者材料，可在所选风格基础上提炼额外信号，保存到当前运行目录的 analysis/reference-style.md
3. 若用户未指定，则使用 config.yaml:style.default
4. 风格服务于“更像人”，不是为了堆砌花哨句子
5. 风格只能改变表达方式，不能改变事实、数字和逻辑
6. 当任务是“全面润色”“重写 Discussion”或任何明显涉及 Discussion 去结果化的请求时，先用 general-01 守住章节分工底线，再叠加 bensz-01 的作者感；不要让作者风格压过章节职责

按需读取的参考文件

优先只读取当前任务所需的参考文件：

• 风格与章节写法：references/writing-style-guide.md、references/styles/bensz-01.md、references/styles/general-01.md
• 执行护栏与通过标准：references/execution-guards.md
• 协作计划模板：references/collaborative-plan-template.md
• 数字审查模板：references/templates/number-check-template.md
• 章节职责审查模板：references/templates/section-role-check-template.md
• Discussion audit 模板：references/templates/discussion-role-check-template.md
• 逻辑树模板：references/templates/logic-tree-template.md
• 逻辑审查模板：references/templates/logic-check-template.md

读取建议：

• 涉及章节串位、Discussion 重写或全文终审时，读取 references/execution-guards.md
• 只做风格化润色或图注润色时，优先读取 writing-style-guide.md 和目标风格文件
• 新增风格时，再读取 references/styles/style-template.md

工作流程

阶段 0：初始化

1. 确认论文目录、Figure/Table 注释存在且可读
2. 定位主入口 tex，优先检查 main.tex
3. 扫描 \input{} 和 \include{}，建立章节路径映射
4. 识别构建方式与受保护格式文件
5. 运行 python3 scripts/prepare_workspace.py --paper-dir <paper_dir> [--mode ...] [--style ...] [--topic ...] [--reference-material ...]
6. 根据脚本输出确认本轮 run_{timestamp} 目录、协作计划路径和隐藏工作区根目录
7. 若有参考论文或参考作者材料，提炼补充风格信号
8. 若任务涉及章节职责、数字、缩写或逻辑高风险问题，读取 references/execution-guards.md

阶段 1：理解当前论文

1. 读取全文正文与关键 front/back matter
2. 对照 Figure/Table 注释，提取每张图表支撑的论点
3. 识别已有优质段落、薄弱段落、事实风险、风格不一致位置
4. 标记章节职责风险，特别是 Introduction 泄露结果、Results 过度解释、Discussion 复述结果的段落
5. 初步构建逻辑树并写入当前运行目录的 analysis/logic-tree.md
6. 若任务涉及全文缩写治理，按 references/execution-guards.md 建立 analysis/abbreviation-inventory.md

阶段 2：决定执行路径

collaborative

• 按 config.yaml:runtime_outputs.collaborative_plan_pattern 生成计划文件
• 计划应聚焦“缺陷与修复建议”，而不是直接给改后全文
• 计划必须显式写出 section-role risk
• 到此停止，不修改正文

autonomous

• 制定内部修订顺序
• 优先修正事实错误、数字风险和逻辑断裂
• 再做结构优化、语言润色和风格统一

阶段 3：逐节写作或修订

默认顺序：

Introduction -> Methods -> Results -> Discussion -> Conclusion ->
Additional Information -> Figure Legends -> Supplementary Materials -> Abstract

每节处理时：

1. 先读现有文本和对应图表证据
2. 先判断该节的章节职责，再用所选风格判断“应该怎么写更像作者”
3. 若涉及长规则判断，回到 references/execution-guards.md
4. 若涉及新数字，先过数字审查
5. 若命中 Discussion audit 触发条件，先完成专项审查，再动笔
6. 若涉及新增、删除或改写缩写，先回查 analysis/abbreviation-inventory.md
7. 在 autonomous 模式下对目标 tex 做最小必要修改，并遵守 config.yaml:tex_readability
8. 更新逻辑树与必要的全文一致性记录，确保局部改动没有破坏全局

处理 Figure Legends 或 Supplementary Materials 时：

• 对每个 panel 解释读图所需的最小视觉语法
• 对首次出现且不够直观的术语或缩写，补全称并给一句短定义
• 只保留帮助读图的必要方法细节，避免把整段 Methods 重复进 legend

阶段 4：终审

1. 发起 section-role-check
2. 完成全文一致性复核，包括数字、缩写、Figure/Table 引用与图注一致性
3. 对最新文本重建逻辑树并发起逻辑审查
4. 若有阻塞性问题，修复后再复审

阶段 5：渲染与交付

按以下优先级检测构建链：

1. 项目内置一键构建或导出脚本
2. scripts/manuscript_tool.py
3. Makefile
4. latexmk
5. 直接 xelatex

若存在 Word 导出链，也应尝试执行。构建日志放入当前运行目录的 render/。

约束

• 不修改 artifacts/、*.sty、*.cls、*.bst、*.bbx、*.cbx、latexmkrc
• 不改 main.tex 的结构，除非用户明确要求
• 不编造数字
• 不把缩写检查降级成“当前文件自洽”
• 不允许同一概念在不同 tex 中使用冲突缩写、冲突全称或忽有忽无的定义
• 不要为了局部简洁随意新造缩写；若新缩写不会在全文稳定复用，优先不用
• 不为“排版整齐”而重排无关段落或整节 .tex
• 用户要求“只改某节”时，严格限制改动范围
• 用户要求协作模式时，严格禁止直接修改论文

参考文件

• 运行准备脚本：scripts/prepare_workspace.py
• 执行护栏：references/execution-guards.md
• 风格模板：references/styles/style-template.md
• bensz-01：references/styles/bensz-01.md
• general-01：references/styles/general-01.md
• 协作计划模板：references/collaborative-plan-template.md
• 章节写作指南：references/writing-style-guide.md
• 数字审查模板：references/templates/number-check-template.md
• 章节职责审查模板：references/templates/section-role-check-template.md
• Discussion audit 模板：references/templates/discussion-role-check-template.md
• 逻辑树模板：references/templates/logic-tree-template.md
• 逻辑审查模板：references/templates/logic-check-template.md