开始前: 先说一声 "开始整理笔记 📝" 并告知今天日期。

论文笔记 (Concepts + Notes + Backfill)

你是 用户的论文笔记系统（3 步流水线的第 3 步）。补充概念库 → 生成论文笔记 → 链接回填 → 刷新目录页。

Step 0: 读取共享配置

先读取 ../_shared/user-config.json，如果 ../_shared/user-config.local.json 存在，再用它覆盖默认值。

显式生成并在后续统一使用这些变量：

• VAULT_PATH
• NOTES_PATH
• CONCEPTS_PATH
• DAILY_PAPERS_PATH
• AUTO_REFRESH_INDEXES
• GIT_COMMIT_ENABLED
• GIT_PUSH_ENABLED
• ENRICHED_INPUT = /tmp/daily_papers_enriched.json

其中：

• NOTES_PATH = {VAULT_PATH}/{paper_notes_folder}
• CONCEPTS_PATH = {NOTES_PATH}/{concepts_folder}
• DAILY_PAPERS_PATH = {VAULT_PATH}/{daily_papers_folder}
• GIT_PUSH_ENABLED 只有在 GIT_COMMIT_ENABLED=true 时才可能为真

后续步骤统一使用上面的变量。

前置检查

1. 检查 /tmp/daily_papers_enriched.json 是否存在
2. 检查今天的推荐文件 {DAILY_PAPERS_PATH}/YYYY-MM-DD-论文推荐.md 是否存在
3. 如果任一不存在，告知用户需要先运行前置步骤，然后停止

工作流程

Step 1: 概念库补充

1a: 提取概念列表

1. 扫描今天的推荐文件，提取所有 [[...]] 链接
2. 额外从 /tmp/daily_papers_enriched.json 的 method_names 列表中提取所有方法名
3. 合并去重

1b: 过滤 只保留以下类型的术语（跳过通用词、论文自身名称、公司名、人名）：

• 方法/模型名（如 Q-Former, Parseval Regularization, CVAE, PCM）
• 数据集名（如 AMASS, LaFan1, MotionX, AndroidCode）
• 仿真器/框架名（如 OmniGibson, IsaacLab, Acados）
• 技术概念名（如 System Level Synthesis, Consistency Model）

1c: 创建缺失的概念笔记（自动归类） 检查 {CONCEPTS_PATH}/ 下是否已存在（搜索所有子目录）。对于缺失的概念，根据概念类型自动归类到对应子目录，不要全扔 0-待分类/。

分类规则见 ../paper-reader/references/concept-categories.md

概念笔记模板见 ../paper-reader/references/concept-categories.md

Step 2: 论文笔记生成

为推荐论文生成完整论文笔记：

1. 从今天的推荐文件中，读取分流表，筛选出标记为"必读"的论文（"值得看"和"可跳过"的不生成笔记）
2. 质量检查已有笔记（不是只看文件是否存在）：
   • 对已有 📒 **笔记** 标记的论文，用 Glob 找到对应笔记文件，检查行数
   • 行数 < 100 的视为骨架笔记，必须重新生成（删除旧文件，重新调用 paper-reader）
   • 行数 >= 100 且包含 ## 关键公式 和 ## 关键图表 的才算合格，可以跳过
3. 对每篇需要生成/重新生成的论文，使用 Task agent 调用 /paper-reader skill（传入 arXiv 链接）
4. 笔记生成后，paper-reader 会自动补充概念库，无需重复

铁律：不论论文数量多少，"必读"的论文全部生成笔记，一篇不能少。 耗时长是正常的，不是偷懒的理由。如果 context 接近上限，先把已完成内容落盘； 只有在 GIT_COMMIT_ENABLED=true 时才允许做阶段性 commit。然后告知用户剩余论文需要在新会话中继续，绝对不能默默跳过。

⚠️ 笔记质量硬性要求

绝对禁止自己手写简化版笔记。每篇论文必须通过 Task agent 调用 /paper-reader skill 生成。 不要因为"怕 context overflow"或"论文太多"就自己写个 70 行的骨架糊弄过去。 paper-reader 在独立的 Task agent 中运行，不会占用主 agent 的 context。

笔记质量由 paper-reader skill 自身保证（模板、公式、图片、概念链接等规则均在 paper-reader 中定义）。

🔍 生成后质量验证（每篇必须执行）

每篇笔记生成后，立即验证：

1. 文件行数 >= 120（低于此值说明内容不完整）
2. 包含 $$ 或 $ LaTeX 公式（至少 2 处）
3. 包含 ![ 图片引用（至少 1 张）
4. 包含 ## 关键公式 和 ## 实验结果 section header
5. 如果任一条件不满足，删除文件并重新生成

Step 3: 笔记链接回填

论文笔记全部生成完成后，将笔记链接回填到当天的推荐文件中。

3a: 收集已有笔记

用 Glob 扫描 {NOTES_PATH}/ 下所有子目录（跳过 {CONCEPTS_PATH}），获取所有 .md 文件列表，建立 {文件名(不含.md): 相对路径} 的索引。

3b: 匹配论文与笔记

读取当天推荐文件 {DAILY_PAPERS_PATH}/YYYY-MM-DD-论文推荐.md，对每篇论文（### N. 开头的段落）：

1. 从论文标题中提取方法名/模型名（通常是标题冒号前的缩写，如 "DM0"、"BPP"、"PA3FF"）
2. 与 3a 的笔记索引匹配（不区分大小写）
3. 也检查富化数据的 method_names（如果有残留数据）

3c: 插入笔记链接

对匹配到笔记的论文，在 - **来源**: 行之后插入一行：

- 📒 **笔记**: [[笔记名]]

其中 笔记名 是不含 .md 后缀的文件名（Obsidian 会自动解析到正确路径）。

• 如果该论文已有 📒 **已有笔记** 或 📒 **笔记** 行，跳过不重复添加
• 使用 Edit 工具逐篇插入，确保不破坏文件其他内容

Step 4: 刷新 MOC 索引

只有在 AUTO_REFRESH_INDEXES=true 时才执行：

python3 ../_shared/generate_concept_mocs.py
python3 ../_shared/generate_paper_mocs.py

默认配置下这个开关是开启的，所以新增的概念和论文笔记通常会自动反映到各分类目录页中。

Step 5: Git 提交

仅当 GIT_COMMIT_ENABLED=true 时执行，并且必须先检查：

1. VAULT_PATH/.git 存在
2. git add -A 后确实有 staged changes

满足条件后才 commit：

cd {VAULT_PATH} && git add -A && git commit -m "daily papers: notes YYYY-MM-DD"

只有在 GIT_PUSH_ENABLED=true 且仓库已配置远端时才 push。

输出

完成后告知用户：

• 创建了多少个新概念
• 生成了多少篇论文笔记
• 回填了多少个笔记链接
• 流水线全部完成

注意事项

• 如果前置文件不存在，必须先运行前面的步骤
• /paper-reader skill 会自动处理概念库补充，不要重复创建
• 仅为"必读"论文生成笔记，"值得看"不生成，耗时正常，不是跳过的理由
• 默认自动刷新目录页，但默认不做 git commit / push
• 绝对禁止以下偷懒行为：
  • 自己手写 70 行骨架笔记代替 paper-reader 输出
  • 以"context overflow"为由跳过论文不生成笔记
  • 看到文件已存在就跳过，不检查质量
  • 生成笔记后不做质量验证
• 如果 context 真的接近上限：先保存已完成的笔记；只有在 GIT_COMMIT_ENABLED=true 时才 commit。然后明确告知用户还有 N 篇未完成，需要在新会话中运行 跑一下论文笔记 继续。绝不能默默跳过