NSFC Ref Alignment

适用场景

你有一份 NSFC 标书（LaTeX 项目），希望检查：
- .tex 里所有 \cite{...} / \citep{...} / \citet{...} 等引用的 bibkey 是否都存在于 .bib
- .bib 条目的基础字段是否完备、格式是否明显错误（如 DOI 非法、年份缺失）
- 引用所在句子的“语义主张”是否与该文献（至少从 title/author/year/venue/DOI 等元信息）相匹配，是否存在乱引/过度主张/张冠李戴风险
你希望只得到一份报告先人工审核（改 .bib / 改正文属于大事）。

不适用

你希望“自动替换 bibkey / 自动改写正文”——本 skill 默认禁止直接修改（除非你明确要求）。
你只是想补齐 BibTeX 条目：优先使用 nsfc-bib-manager。

输入

project_root：标书项目根目录（如 projects/NSFC_General）
可选：main_tex：主入口 tex（默认 main.tex）
可选：report_dir：报告输出目录（默认 ./references，相对你运行 skill 的当前目录）
可选：verify_online：是否进行在线核验（默认 false；仅做确定性查询，失败降级）

输出（只读 + 可复现）

中间产物（强制）

所有中间文件必须托管在：

{project_root}/.nsfc-ref-alignment/run_{YYYYMMDDHHMMSS}/

其中 run_{YYYYMMDDHHMMSS} 为时间戳；如同秒重复运行，脚本会追加 -2/-3/...，确保多次分析不冲突。

该目录至少包含：

ai_ref_alignment_input.json：结构化输入（引用位置 + 句子上下文 + 文献元信息 + 校验结果），供宿主 AI 做语义判断
ref_integrity_report.md：确定性报告（缺失 bibkey、重复条目、字段缺失、DOI 格式问题等）
citations.csv：逐条引用清单（file/line/bibkey/sentence）
bib_inventory.json：BibTeX 清单（被引用条目与问题标注）

最终交付（默认）

仅输出一份供用户审核的报告（默认写入 ./references/；用户可指定其他目录）：

NSFC-REF-ALIGNMENT-vYYYYMMDDHHMMSS.md（如同秒重复运行，脚本会追加 -2/-3/... 避免覆盖）

该报告必须是“只读审查报告”，不得直接修改标书正文或 .bib。

工作流（推荐）

步骤 1：预检与定位

确认 project_root 存在且包含 main_tex。
自动解析 main_tex 的 \input{} / \include{} 依赖树，收集所有涉及的 .tex 文件。
自动发现 \bibliography{...} / \addbibresource{...} 指向的 .bib 文件；若发现 0 个 .bib，则回退为在 project_root 下搜索 *.bib 并给出 warning。

步骤 2：确定性抽取（脚本执行）

运行脚本生成结构化输入与确定性报告：

cd /path/to/ChineseResearchLaTeX
python3 skills/nsfc-ref-alignment/scripts/run_ref_alignment.py \
  --project-root "projects/NSFC_General" \
  --main-tex "main.tex" \
  --report-dir "references" \
  --prepare

如需在线核验（建议只对最终稿/重点条目开启）：

python3 skills/nsfc-ref-alignment/scripts/run_ref_alignment.py \
  --project-root "projects/NSFC_General" \
  --main-tex "main.tex" \
  --report-dir "references" \
  --prepare \
  --verify-online

步骤 3：宿主 AI 语义核查（本 skill 的核心）

宿主 AI 在读取 {run_dir}/ai_ref_alignment_input.json 后，逐条核查：

真实性/存在性（P0）
- bibkey 缺失：正文引用了不存在的条目
- DOI/URL 明显无效或在线核验失败且元信息严重不一致
语义不匹配风险（P0/P1）
- P0：句子对文献作出了“强断言”，但从元信息看高度不可能（如年份矛盾、领域完全不相关、明显张冠李戴）
- P1：可疑但证据不足（元信息不足、缺少 DOI/缺少 title/作者信息不全）
过度主张/弱支撑（P1）
- 例如“首次/唯一/最优/显著优于”但缺乏足够支撑或疑似需要更强引用

证据优先级（强制）：在线核验结果（若开启） > BibTeX 的 title/abstract > 仅从句子推断（最低优先级）。

步骤 4：生成最终报告（只读）

在 report_dir 写入最终报告 NSFC-REF-ALIGNMENT-vYYYYMMDDHHMMSS.md，必须包含：

Summary：总引用数、唯一 bibkey 数、缺失条目数、重复条目数、P0/P1 数
P0（必须处理）：缺失 bibkey、明显伪造/错误元信息、严重语义错配
P1（建议处理）：字段不全（缺 DOI/缺 year）、弱支撑/过度主张、需要人工复核
附录：逐条引用明细（至少包含 file/line、原句、bib 条目关键字段、风险判断与理由）

修改边界（强制）

默认不修改任何标书内容与配置：
- 禁止修改：**/*.tex、**/*.bib、**/*.cls、**/*.sty
允许写入：
- {project_root}/.nsfc-ref-alignment/**（中间产物）
- ./references/**（最终报告；可由用户改到别处）
若用户明确要求“修复引用/修复 bib”，必须先在报告里给出修改计划与影响面，再执行最小化修改（默认不做）。

与 check-review-alignment 的关系（经验复用）

共同点：脚本只做确定性抽取；“语义是否匹配”的判断由宿主 AI 完成；输出可追溯的结构化输入与报告。
不同点：本 skill 面向标书项目（多文件 \input{} 结构），且默认不做任何自动改写（只输出审查报告）。

验证清单（静态自检）

{project_root}/.nsfc-ref-alignment/run_{timestamp}/ 存在且包含 4 个核心产物（json/md/csv/json）。
最终报告写入 report_dir，且没有任何 .tex/.bib 文件被修改。
报告对每个 P0/P1 给出：定位（file/line）+ 原句 + 依据 + 建议动作。