paper-explain-figures

与 bensz-collect-bugs 的协作约定

• 因本 skill 设计缺陷导致的 bug，先用 bensz-collect-bugs 规范记录到 ~/.bensz-skills/bugs/，不要直接修改用户本地已安装的 skill 源码；若有 workaround，先记 bug，再继续完成任务。
• 只有用户明确要求“report bensz skills bugs”等公开上报时，才用本地 gh 上传新增 bug 到 huangwb8/bensz-bugs；不要 pull / clone 整个仓库。

目标

对用户提供的 1 张或多张论文 Figure：

• 将 Figure 转为 .jpg（用于视觉理解；转换失败则保留原图并显式说明）
• 在 Figure 附近自动检索“生成该图的源代码”（可能找不到；找不到则为 NULL）
• 综合三类信息输出可读性强的报告：
  • 理解 1：视觉理解（从 jpg/原图直接读图）
  • 理解 2：源代码理解（以代码为准；代码决定图的真实含义）
  • 理解 3：用户人工解读（帮助猜测用户关注点；可能有误）

强约束（必须遵守）

• 目录管理硬约束：所有中间产物必须托管在当前工作目录下的隐藏目录 .paper-explain-figures/（该目录名在脚本中硬编码；不允许改到别处）。
• 运行时隔离硬约束：runner / 图片转换器产生的 HOME、TMP、XDG cache/state/config 等运行时辅助文件，也必须重定向并收纳到 .paper-explain-figures/ 内。
• 只读约束：全程只读访问用户的 Figure 与源代码文件；严禁修改它们（包括格式化/重写/覆盖）。

输入

用户会输入 1 个或多个信息：

• 1 个或多个 figure 文件的绝对路径
• 可选：对 figure 的人工解读（全局或按 figure 分配）
• 可选：用户显式给出源代码文件绝对路径（优先作为“候选入口”）

输出

• 最终报告：默认输出到当前工作目录 paper-explain-figures_report.md
• 所有中间文件与日志：落到 .paper-explain-figures/（按 run/job 分目录保存）

标准报告格式（每张图必须按此结构输出）

每张图在同一个 Markdown 文件中以 ## 级标题分隔：

# Figures

## Figure: xxx

> 文件位置： xxx
> 源代码： xx.R 第xxx-xxx行

### 图表核心含义

...

### 变量定义

| 元素 | 定义 |
| --- | --- |
| ... | ... |

### 解读要点

1. ...
2. ...

### 解释

...

### 科学价值

...

技术路径（进程级隔离 + 并发上限）

为保证“每张图的解读相互独立”，本 skill 采用 worker 脚本在 shell 中启动独立进程执行：

• codex exec "..."（推荐：更容易做本地文件读取 + 视觉理解）
• claude -p "..."（可选）

并发上限默认 3（可在 paper-explain-figures/config.yaml 调整）。

使用方式（建议）

在当前目录运行（推荐，产物会落到当前目录与 .paper-explain-figures/）：

python3 paper-explain-figures/scripts/paper_explain_figures.py \
  --fig /abs/path/to/figure1.png \
  --fig /abs/path/to/figure2.pdf \
  --note "你对这些图的关注点/背景解释（可选）"

如果该 skill 已做系统级安装（路径因平台而异，以下仅示例）：

python3 ~/.codex/skills/paper-explain-figures/scripts/paper_explain_figures.py --fig /abs/path/to/figure.png

常用参数（按需）：

# 启用并行（默认串行，减少 API 限流/封禁风险）
python3 paper-explain-figures/scripts/paper_explain_figures.py --fig /abs/path/to/figure.png --parallel

# 并发上限（默认 3；也可改 config.yaml:defaults.max_parallel）
python3 paper-explain-figures/scripts/paper_explain_figures.py --fig /abs/path/to/figure.png --parallel --max-parallel 3

# 指定 runner（codex/claude/local）
python3 paper-explain-figures/scripts/paper_explain_figures.py --fig /abs/path/to/figure.png --runner codex

⚠️ 安全提示：--runner shell 已禁用，因为它无法对“.paper-explain-figures 之外绝不泄露中间文件”提供严格保证。

清理方式

在触发目录执行：

rm -rf .paper-explain-figures