Molecular Properties Predictor

功能概述

该 skill 用于预测小分子多种物化性质。

当前版本通过 Bamboo-Mixer 单分子模型返回以下 11 个性质：

• Tm：熔点（K）
• bp：沸点（K）
• nD：折射率（无单位）
• nD_liquid：液体折射率（无单位）
• dc：介电常数（无单位）
• ST：表面张力（mN/m）
• density：密度（g/cm^3）
• vis：黏度（cP）
• vapP：蒸气压（Pa）

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适用场景

当用户有如下需求时适合调用：

• 查询一个分子的多种物化性质
• 一次性获取熔点、沸点、密度、黏度等多个性质
• 为下游分子筛选提供多指标输入
• 作为拆分单项物性 skill 之前的总入口

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输入形式

单分子输入

• smiles：必填
• name：可选
• temperature：可选，默认 25.0

批量输入

支持 JSON 列表输入，每项至少包含：

• smiles
• name（可选）

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输出字段

每个结果条目通常包含：

• name
• smiles
• canonical_smiles
• status
• temperature_celsius
• backend_used
• model_source
• properties
• property_units
• raw_backend_output

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⚠️ pKa 预测特别说明

本 skill 虽然输出 pka_a 和 pka_b 字段，但不推荐用于 pKa 预测。

推荐方案： 请使用专门的 pka-predictor skill 进行 pKa 预测。

原因：

对比项	molecular-properties-predictor	pka-predictor
pKa 准确度	中等（误差 ~0.4 单位）	高（误差 ~0.17 单位）
后端	Bamboo-Mixer 多任务模型	Uni-pKa 专用模型
微观态处理	无	支持微观态枚举 + 自由能计算
输出详细度	仅返回数值	电荷态、去质子化方向、置信度等

示例：

# ❌ 不推荐：用本 skill 预测 pKa
python scripts/main_script.py --smiles "CC(=O)O" --name "乙酸"

# ✅ 推荐：用 pka-predictor 预测 pKa
cd ../pka-predictor && ./run_with_venv.sh --smiles "CC(=O)O" --name "乙酸" --backend unipka

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⚠️ 表面张力预测特别说明

本 skill 可预测表面张力 (ST)，但对于单一表面张力预测需求，推荐使用专门的 surface-tension-predictor skill。

推荐策略：

需求场景	推荐 Skill/后端
仅预测表面张力	surface-tension-predictor
表面张力 + 多种物性	molecular-properties-predictor (Bamboo-Mixer)
小分子 (<10 重原子)	surface-tension-predictor (baseline)
大分子 (≥10 重原子)	surface-tension-predictor (public_joblib)

原因：

对比项	molecular-properties-predictor	surface-tension-predictor
表面张力准确度	好（误差 ~5%）	好（误差 ~5% baseline）
后端	Bamboo-Mixer 多任务模型	baseline / public_joblib
特征数	隐式描述符	8 个 (baseline) / 130 个 (public_joblib)
灵活性	固定 11 个性质	可切换后端，针对表面张力优化
适用场景	多种物性一次性预测	单一表面张力预测

测试对比（苯甲酸）：

Skill/后端	预测值	文献值	偏差
surface-tension-predictor (baseline)	41.63 mN/m	~44 mN/m	-5.4% ✅
molecular-properties-predictor (Bamboo)	41.38 mN/m	~44 mN/m	-5.9% ✅
surface-tension-predictor (public_joblib)	33.19 mN/m	~44 mN/m	-24.6% ⚠️

示例：

# ✅ 推荐：仅预测表面张力，用 surface-tension-predictor
cd ../surface-tension-predictor
python scripts/main_script.py --smiles "O=C(O)c1ccccc1" --name "苯甲酸" --backend baseline

# ✅ 推荐：同时预测多种物性，用本 skill
cd ../molecular-properties-predictor
python scripts/main_script.py --smiles "O=C(O)c1ccccc1" --properties bp,ST,density

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后端说明

bamboo_mixer

定位

这是当前 skill 的真实模型后端，用于对接 Bamboo-Mixer 单分子物性模型。

当前已完成的真实接入链路

当前版本已完成以下流程：

1. 准备单分子输入 JSON
2. 调用 Bamboo-Mixer 的：
   • scripts/prepare_data/prepare_data.py --data_type mono
3. 调用 Bamboo-Mixer 的：
   • scripts/test_results/mono.py
4. 使用 mono checkpoint：
   • hf_bamboo_mixer/ckpts/mono/optimal.pt
5. 解析输出 output_mono.json
6. 返回 11 个物性结果

当前使用的环境变量

• BAMBOO_MIXER_ADAPTER_PY
• BAMBOO_MIXER_REPO
• BAMBOO_MIXER_PYTHON
• BAMBOO_MIXER_MONO_CKPT

推荐写法：

export BAMBOO_MIXER_ADAPTER_PY=scripts/adapters/bamboo_mixer_properties_adapter.py
export BAMBOO_MIXER_REPO=assets/bamboo_mixer
export BAMBOO_MIXER_PYTHON=assets/bamboo_mixer/.venv/bin/python
export BAMBOO_MIXER_MONO_CKPT=assets/bamboo_mixer/hf_bamboo_mixer/ckpts/mono/optimal.pt