草稿撰寫技能

觸發：寫草稿、draft、section、引用、citation、字數、patch、寫作順序

前置條件

1. get_current_project() 確認專案
2. concept.md 存在且 🔒 區塊非空（寫 concept.md 本身除外）

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MCP Tools

撰寫

工具	說明
write_draft	建立/覆寫草稿（filename, content, project）
draft_section	根據 notes 產出 section（topic, notes）
read_draft	讀取草稿
list_drafts	列出所有草稿
check_writing_order	⭐ 檢查寫作順序與進度（advisory, 不阻止）

引用（⚠️ 修改引用必須用 patch_draft，禁止 replace_string_in_file）

工具	說明
get_available_citations	⚠️ 編輯前必呼叫！列出可用 [[citation_key]]
patch_draft	部分編輯草稿，自動驗證 wikilinks
insert_citation	定點插入引用（filename, target_text, pmid）
sync_references	掃描 [[wikilinks]] 生成 References
count_words	計算字數

patch_draft vs replace_string_in_file：patch_draft 驗證引用、自動修復格式、拒絕不存在的引用。

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自動快照（CONSTITUTION §22 Auditable）

所有草稿寫入路徑（write_draft、patch_draft、insert_citation、create_draft）在覆寫前自動建立快照，儲存於 drafts/.snapshots/。

• 最多保留 20 個快照/檔案，自動清理
• 不依賴 git 或 agent 合作，純粹在寫入路徑中觸發
• 使用 DraftSnapshotManager（infrastructure/persistence/）

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寫作順序（Advisory）

Paper Type	順序
original-research	Methods → Results → Introduction → Discussion → Conclusion → Abstract
systematic-review	Methods → Results → Discussion → Introduction → Conclusion → Abstract
case-report	Case Presentation → Discussion → Introduction → Conclusion → Abstract
review-article	Introduction → Body → Conclusion → Abstract

前置：Results 需 Methods、Discussion 需 Results+Intro、Conclusion 需 Discussion、Abstract 需全部。 check_writing_order() 產生警告，不阻止。警告出現時詢問用戶是否繼續。

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Flow A: 撰寫新 Section

1. check_writing_order() → 確認前置
2. validate_for_section(section) → ✅/❌
3. read_draft("concept.md") → 提取 🔒 NOVELTY + 🔒 SELLING POINTS
4. 參考下方 Section 指南撰寫
5. count_words()
6. approve_section(section, action) → 用戶審閱 approve/revise（Phase 5 時 MANDATORY）

Flow B: Citation-Aware 編輯

1. get_available_citations() → 取得可用 citation keys
2. patch_draft(filename, old_text, new_text) → 自動驗證 wikilinks
3. sync_references(filename) → 生成 References

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🔒 受保護內容

• Introduction 開頭/結尾必須呼應 🔒 NOVELTY
• Discussion 必須逐條強調 🔒 SELLING POINTS
• 不可刪除或弱化 🔒 區塊。修改前必須詢問用戶

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Section 寫作指南

以下每條指南都有對應的 Code-Enforced Hook（B9-B16），run_writing_hooks 會自動檢查。

Introduction (400-600 words)

結構（Funnel Model — Hook B12 自動偵測）：

1. Broad Context (1-2 段)：臨床問題的重要性與盛行率，用具體數字（發生率、死亡率）
2. Evidence Base (1-2 段)：目前文獻的發現，必須有 [[wikilinks]] 引用
3. Knowledge Gap (1 段)：先前研究的不足之處→ 對應 🔒 NOVELTY
4. Study Objective (最後一段)：「This study aimed to...」或「We sought to...」

時態（Hook B9）：

• 已確立的事實 → 現在式（「Diabetes is characterized by...」）
• 先前研究的結果 → 過去式（「Smith et al. reported that...」）

禁止事項：

• 🚫 "In recent years..." / "With the rapid development of..."
• 🚫 每段開頭用 "Furthermore" / "Moreover" / "Additionally"
• 🚫 在 Introduction 透露自己的 Results（Hook B12 CRITICAL）
• 🚫 過多 hedging：「may potentially suggest...」（Hook B15）

Checklist（Agent 自行確認）：

• 第一段有具體流行病學數字
• 有 ≥3 個引用支持 Evidence Base
• Knowledge Gap 用轉折語（however, nevertheless, yet）
• 最後一段明確陳述研究目的

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Methods (800-1200 words)

結構：

1. Study Design & Setting：研究類型、單/多中心、時間範圍
2. Participants：納入/排除標準、年齡、母群體
3. Intervention / Exposure：介入描述或暴露定義
4. Outcomes：Primary + Secondary endpoints，明確定義
5. Statistical Analysis：分析方法、軟體版本、顯著性標準

時態（Hook B9 CRITICAL）：

• 所有描述必須用過去式（「We enrolled...」「Data were collected...」）
• 🚫 禁止用現在式描述已完成的方法步驟

倫理聲明（Hook B14 CRITICAL）：

• ✅ 必須包含 IRB / Ethics committee approval + 核准編號
• ✅ 必須包含 Informed consent statement（或 waiver 說明）
• ✅ 如為介入研究：必須包含 Trial registration number (e.g., NCT12345678)

統計報告規範（Hook B8 / B16）：

• 必須在 Methods 中預先列出 Results 中所有用到的統計方法
• Events 應能對應到 Methods 中的 Outcomes 定義

Checklist：

• 研究設計一開始就聲明
• 納入排除標準明確列出
• 統計方法對應所有結果變量
• 倫理聲明 + Informed consent 存在
• 如 RCT：有 randomization 和 allocation concealment 描述

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Results (600-1000 words)

結構：

1. Participant Flow：篩選→納入→分析的人數（搭配 CONSORT 流程圖）
2. Baseline Characteristics：Table 1 描述，組間比較
3. Primary Outcome：主要結果 + 效果量 + 95% CI + p-value
4. Secondary Outcomes：次要結果分組報告
5. Adverse Events / Safety：如適用

時態（Hook B9 CRITICAL）：

• 所有結果描述必須用過去式（「was observed」「were significantly higher」）

客觀性（Hook B11 CRITICAL — 最常見 Reviewer 意見）：

• ✅ Results 只報告觀察到的資料和統計結果
• 🚫 禁止解讀性語言：「suggesting that」「indicating」「demonstrating that」
• 🚫 禁止主觀形容：「interestingly」「surprisingly」「remarkably」
• 🚫 禁止推測：「may be due to」「possibly reflects」「we believe」
• → 解讀屬於 Discussion

統計報告（Hook B16）：

• ✅ 報告精確 p-value（p = 0.032），不只用 p < 0.05
• 🚫 禁止 「p = 0.000」→ 應寫 p < 0.001
• ✅ 效果量（OR, HR, RR, MD, Cohen's d）必須伴隨 p-value
• ✅ 所有效果量應附帶 95% CI

Checklist：

• 有明確的參與者篩選數字
• Primary outcome 有 effect size + 95% CI + p-value
• 無解讀性語言（B11 PASS）
• 全部用過去式
• 圖表有正文敘述對應

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Discussion (1000-1500 words)

結構（Hook B13 自動偵測）：

1. Main Findings (第 1 段)：重述主要發現（含 🔒 SELLING POINTS）
2. Literature Comparison (2-3 段)：與先前研究比較，有 [[wikilinks]] ≥3 個
3. Mechanism / Explanation (1 段)：可能機制或臨床解釋
4. Clinical Implications (1 段)：臨床實踐意義或未來方向
5. Limitations (1 段，Hook B13 CRITICAL)：誠實承認研究局限
6. Conclusion (最後 1-2 句)：簡潔重述核心發現

Limitations 段落（必要 — Hook B13 觸發 CRITICAL）：

• ✅ 必須包含 "limitation" / "weakness" / "shortcoming"
• ✅ 至少提 2-3 個具體限制：研究設計、樣本量、追蹤時間、選擇偏差等
• ✅ 對每個限制解釋為什麼不影響主要結論（或承認可能影響方向）

Hedging 控制（Hook B15）：

• Discussion 可以適度使用 hedging（may, might, could）
• 但密度超過 6/1000 字 → CRITICAL（文稿顯得不確定）
• 目標：3/1000 字以下

禁止事項：

• 🚫 重複引用 Introduction 已提過的背景知識
• 🚫 在 Discussion 引入新數據（屬於 Results）
• 🚫 過度擴大結論到研究設計無法支持的範圍

Checklist：

• 第一段重述 main findings
• 有 ≥3 個與先前文獻的比較引用
• Limitations 段落存在且具體
• 有 clinical implications 或 future directions
• 結論簡潔、不超出數據支持範圍

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Abstract (250-350 words)

結構（Structured）：

1. Background (2-3 句)：問題 + gap + 目的
2. Methods (3-4 句)：設計、受試者、主要測量
3. Results (3-5 句)：主要結果 + 關鍵數字 + p-values
4. Conclusions (1-2 句)：核心發現 + 意義

規則：

• ✅ Abstract 是獨立的微型論文，不依賴正文即可理解
• ✅ Abstract 中的數字必須與 Results 完全一致
• 🚫 不在 Abstract 中引用文獻
• 🚫 不使用未定義的縮寫（Abstract 中的縮寫要重新定義）

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Code-Enforced Writing Hooks 對照表

Hook	名稱	觸發時機	嚴重度	檢查重點
B9	Section Tense	POST-WRITE	CRITICAL/WARN	Methods/Results 過去式
B10	Paragraph Quality	POST-WRITE	WARN/INFO	段落長度、單句段落
B11	Results Objectivity	POST-SECTION	CRITICAL	Results 禁止解讀性語言
B12	Intro Funnel	POST-SECTION	CRITICAL/WARN	Introduction 漏斗結構 + 禁止透露結果
B13	Discussion Structure	POST-SECTION	CRITICAL	Limitations 必須存在
B14	Ethical Statements	POST-SECTION	CRITICAL	IRB + Consent + Trial Reg
B15	Hedging Density	POST-WRITE	CRITICAL/WARN	may/might/could 密度
B16	Effect Size	POST-SECTION	CRITICAL/WARN	p-value 格式 + 效果量 + CI

使用方式：run_writing_hooks("B9,B11,B13") 或 run_writing_hooks("post-section")

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Wikilink 格式

✅ [[author2024_12345678]] → 自動修復 [[12345678]] → [[author2024_12345678]]